Si, ponyprog supporta il programmatore Stk200.
Controlla da questo schema se la numerazione dei pin MISO, MOSI, SCK e RESET coincide con i tuoi collegamenti.
Se premi "Ignora" quando hai quell'errore, non legge lo stesso il contenuto dell'atmega?
Probabilmente è un problema di clock della scheda parallela e quindi non riesce ad agganciarsi con il programmatore, dovresti provare su un PC fisso... ora stai provando con un portatile?